Очень хорошо, что Вы ликвидировали непрошеных сожителей!
По Вашему описанию, корневая у растений в порядке, поэтому беспокоиться не стоит. Часто даже "сухой" на вид корешок выдаёт "носик" нового роста.
По внешнему виду я бы не сказала, что жизни башмачка что-то угрожает. Все эти магазинные пятна, если они НЕ будут распространяться дальше(а скорее всего так и будет) - не помеха.
Понаблюдайте за башмачками, Ваши профилактические меры уж точно вреда им не нанесут.
Причины появления пятен трудно установить, потому что нет информации о предыдущих условиях содержания и транспортировки растения.
Если это не механические повреждения, то, возможно, сыграл роль сквозняк, а, может, наоборот - плохая вентиляция при повышенной влажности.
Поэтому есть надежда, что в случае создания благоприятных условий у Ваших растений новые листья будут расти нормальными и здоровыми.
Когда будете смывать корицу - промокните пазухи листиков в розеточке, чтобы не было застоя влаги.
Не опрыскивайте растения, можно на грунт уложить сфагнум и аккуратно опрыскивать именно мох.
ЗЫ зелёная почечка у основания шейки растения - это скорее всего маленькая башмачная детка.